Les referències més antigues d’un orgue instal·lat al Convent de Manacor són del 14 d’agost del 1600, seguides de les de 1726, 1760, 1789. Atribuïda la construcció a la família Caimari, hi ha també referències de com s’inicià una recaptació per a ser instal·lat un orgue obra de Jordi Bosch. No hi ha evidències d’això i sembla que la façana plana de l’orgue fa pensar en una obra anterior a la família Bosch. L’orgue fou afinat i mantingut per Julià Munar, llucmajorer resident a Felanitx (1873, 1875 i 1884). La darrera reforma realitzada per Munar data del 1889. Cal dir que aquest realitzava unes intervencions que complicaven extremadament el funcionament dels instruments.
Posteriorment ha estat restaurat per Gerhard Grenzing (que també ha intervingut en la restauració de l’orgue de Santanyí) en dues etapes. La cadireta queda encara totalment per recuperar, i actualment l’orgue necessita una posada a punt i sobretot pensar com es pot dur a terme una restauració integral que permeti comptar amb els tres teclats.
L’orgue del Convent de Manacor és una de les joies patrimonials més oblidades. Encara potent, encara present, aquest instrument és una mostra de la riquesa musical de Manacor.
L’instrument actual es troba en bon estat, malgrat que necessita una posada a punt pel que fa a neteja dels mecanismes, tubs i afinació. Ara mateix les parròquies de Santanyí i Santa Maria la Major d’Inca han iniciat gestions per tal de tenir un equip que gestioni la conservació i ús dels instruments. De la mateixa manera, a Manacor es comencen a moure iniciatives al voltant de l’orgue del Convent, i la Parròquia de Manacor ha iniciat també gestions per a crear una comissió encarregada de vetllar per l’orgue del Convent.
Un dels objectius proposats de dita comissió seria la programació d’activitats estables: concerts per als visitants, activitats per als escolars, visites programades. Tot és encara un projecte, però que comença a cobrar forma sota la direcció del rector de Manacor, Andreu Genovart.
Dins el marc de les festes de Sant Domingo s’ha programat un concert a càrrec de tres organistes: Bartomeu Mut, Bàrbara Duran i Francesca Suau. Mut és actualment el professor titular del Conservatori Professional. El concert és dia 19 de maig a les 20.30, i s’han inclòs obres de mestres de la polifonia hispànica, alemanya i italiana. L’acte ha estat possible gràcies a la gestió de l’Associació de Veïns d’es Convent, es Centre, es Tren i s’ Antigor, així com de la parròquia de Manacor. L’objectiu del concert és donar a conèixer les possibilitats enormes de l’instrument, i començar un camí de recuperació en el qual cal comptar amb la implicació del poble de Manacor.